北京新发现的人偏肺病毒N蛋白编码基因的序列分析

目的　了解新近从北京地区发现的人类偏肺病毒 (humanmetapneumovirus ,HMPV)N蛋白编码基因的特征。方法　从经RT PCR检测HMPV阳性的临床鼻咽洗液标本中进行HMPVN蛋白全基因扩增、克隆至pUCm T载体中并进行测序 ,与GenBank中的多株HMPVN蛋白基因序列进行比较和进化树分析。结果　经扩增并测序 ,标本BJ1816和BJ1887N蛋白基因全长为 1185bp ,编码 394个氨基酸。BJ1816N蛋白基因与国际上第一株HMPV分离株NDL0 0 1和GenBank中其它的多株HMPV的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .2 %～ 99.0 %和 96 .2 %～ 99.7%。BJ1887N蛋白基因与以上进行比较的各株HMPV的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .6 %～ 97.0 %和 96 .4 %～ 99.5 %。BJ1816和BJ1887之间N基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .6 %和 96 .4 %。提示BJ1816和BJ1887分属于HMPV的两个不同的基因进化簇。结论　从基因水平进一步证明新近发现的婴幼儿肺炎的新病原确为HMPV ,提示北京地区婴幼儿中同时存在两个不同进化簇 (即基因型 )的HMPV感染。     

巢式PCR诊断儿科患者鼻病毒感染的探讨

目的了解儿科急性呼吸道感染的病毒病原,建立快速、敏感、特异的检测鼻病毒（HRV）的方法.方法根据已发表的HRV的核苷酸序列设计巢式PCR引物,并用多种呼吸道病毒的标准毒株确定方法的特异性.收集2002年11月至2003年10月的急性呼吸道感染患儿标本771例,应用巢式PCR方法检测标本中有无HRV基因片段.结果特异性检测结果显示仅HRV cDNA有预期大小的片段扩增.771例标本中HRV总检出例数为148例（148/771）,占19.2%;HRV阳性检出率在咽炎患儿中达到53.3%（8/15）,喉炎患儿43.8%（7/16）,支气管炎患儿为28.7%（29/101）,其他如急性扁桃体炎、急性肺炎等患儿也有较高的HRV阳性检出率.在2002年11月以及2003年8-10月HRV检测阳性率较高（21.6%～32.6%）,尤其在2003年9月份HRV检测阳性率最高,达到32.6%;2003年3-7月HRV阳性标本所占百分率较平稳,在16.0%～19.1%之间.结论建立的巢式RT-PCR可以检测到儿科呼吸道感染患儿标本中的鼻病毒基因片段;HRV是北京婴幼儿急性呼吸道感染的重要病毒病原之一.     

北京地区2007-2008年G9型A组人轮状病毒VP7和VP4基因分析

目的 了解北京地区2007-2008年检测到的G9型A组人轮状病毒外壳蛋白VP7和VP4的基因特征.方法 选取经过轮状病毒核酸杂交方法检测为G9型轮状病毒的12份儿童腹泻患儿的粪便标本,应用针对VP7全长基因的特异引物对进行RT-PCR扩增,对所获得的VP7全长基因进行克隆和测序,将所获得的序列与GenBank中的G9型原型病毒株和近期流行株的VP7基因进行序列和种系进化分析;经巢式PCR对G9型的VP4进行P基因分型.结果 12株G9型轮状病毒经VP7基因的序列比较分析得到确认.P基因分型结果显示北京地区近年来存在G9P[8]和G9P[6]型两种组合的轮状病毒感染.序列和种系进化分析发现北京G9型株VP7基因与世界范围内近期流行的G9型株一样都属于进化分支Ⅲ,彼此间的核苷酸和氨基酸同源性较高,而与国内最早报道的G9型T203进化关系较远,且北京G9P[8]和G9P[6]型株分别与国内近期报道的新疆G9P[8]和G9P[6]型株及相应的武汉G9型株VP7基因,在氨基酸位点上存在一些共同的氨基酸残基取代.结论 北京地区近年存在G9P[8]和G9P[6]两种不同基因组合的G9型轮状病毒感染,需要进一步加强对G9型轮状病毒的分子流行病学监测.     

A descriptive pharmacokinetic/pharmacodynamic analysis of continuous infusion ceftazidime-avibactam in a case series of critically ill renal patients treated for documented carbapenem-resistant Gram-negative bloodstream infections and/or ventilator-associated pneumonia

ObjectivesTo describe the pharmacokinetic/pharmacodynamic (PK/PD) behaviour of continuous infusion (CI) ceftazidime-avibactam and the microbiological outcome in a case series of critically ill renal patients treated for documented carbapenem-resistant Gram-negative (CR-GN) bloodstream infections (BSI) and/or ventilator-associated pneumonia (VAP).MethodsCritically ill patients with different degrees of renal function who were treated with CI ceftazidime-avibactam for documented CR-GN infections, and who underwent therapeutic drug monitoring from April 2021 to March 2022, were retrospectively assessed. Ceftazidime and avibactam concentrations were determined at steady-state, and the free fraction (fC_ss) was calculated. The joint PK/PD target of ceftazidime-avibactam was considered as optimal when both C_ss/MIC ratio for ceftazidime ≥4 (equivalent to 100%fT>_4xMIC) and C_ss/C_T ratio for avibactam >1 (equivalent to 100% fT>C_T of 4.0 mg/L) were simultaneously achieved (quasi-optimal if only one of the two was achieved, and suboptimal if neither of the two was achieved). The relationship between ceftazidime-avibactam PK/PD targets and microbiological outcome was assessed.ResultsTen patients with documented CR-GN infections (5 BSIs, 4 VAP, 1 BSI+VAP) were retrieved. The joint PK/PD targets of ceftazidime-avibactam were optimal and quasi-optimal in eight and two cases, respectively. Microbiological failure occurred in two patients (one with VAP, one with BSI+VAP), one of whom developed ceftazidime-avibactam resistance. Both underwent renal replacement therapy, and failed despite attaining optimal joint PK/PD target and receiving fosfomycin co-treatment.ConclusionCI administration may enable optimal joint PK/PD targets of ceftazidime-avibactam to be achieved in most critical renal patients with CR-GN infections, and may help to minimize the risk of microbiological failure.     

用逆转录-聚合酶链反应鉴别甲型和乙型流感病毒感染

目的 建立快速、特异、有效的鉴别甲、乙型流感病毒的方法。方法 根据编码甲、乙型流感病毒膜蛋白Ｍ基因的核苷酸序列设计两对引物、将这两对引物用于同一逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,甲、乙型毒株的扩增产物分别为５０６ｂｐ和２４０ｂｐ,根据这些产物在１．２％的琼脂糖凝胶电泳上的大小,即可鉴别所测毒株的型别。结果 用这一方法对我国２４株甲型和５株乙型流感病毒分离株进行型别鉴定,分型结果与血凝抑制试验和     

北京市某些医院内腹泻暴发与诺如病毒的相关性研究

目的确定2006年11-12月北京市某些医院内发生的住院患者腹泻爆发性流行的病原及其分子生物学特点。方法首先检测腹泻标本中轮状病毒抗原并用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行轮状病毒核酸检测,然后用逆转录-聚合酶链反应进行诺如病毒核酸检测,对检测阳性标本进行诺如病毒VP1全基因的扩增;并对其中一例进行全基因克隆、测序和分析。另外对来自不同医院的2份阳性标本中的VP1的5′端部分序列进行测序分析。结果30份腹泻患者粪便标本中共有17份检测为诺如病毒阳性,总阳性率为56.7%,每一家医院送检标本的阳性率都在42.9%以上。对其中一份标本的诺如病毒VP1全基因序列测定和分析显示为GⅡ-4型诺如病毒。另2份标本中的部分序列测定显示与全基因序列高度保守,只有1个核苷酸的差异,因此也提示为GⅡ-4型诺如病毒。结论诺如病毒是北京地区医院内腹泻暴发的重要病原,此次暴发极可能是由GⅡ-4型诺如病毒引起。     

近年北京儿科急性呼吸道感染患儿中腺病毒的型别监测

目的 了解近年北京地区儿科急性呼吸道感染患儿中人腺病毒(ADV)感染状况及ADV的型别.方法 2003年至2008年,连续6年通过病毒分离和(或)间接免疫荧光法,对收集的首都儿科研究所就诊的急性呼吸道感染患儿的17 941份标本进行ADV检测,对其中285份毒株或阳性标本提取DNA,通过3、7、11和21型4对分型引物的多重聚合酶链反应,确定3、7、11和21型ADV,对少数扩增阴性的标本或毒株,再使用2对可扩增所有ADV的通用引物对其DNA进行扩增,将PCR产物直接测序,结果与GenBank上的序列比较,确定其型别.结果 在17 941份呼吸道标本中,经病毒分离和(或)间接免疫荧光法确定为ADV阳性的标本304份,总阳性率为1.69%.对其中285份毒株或阳性标本的PCR分型结果:272例用3、7、11、21型分型引物扩增确定了型别:3型ADV 174例,占61.1%(174/285),7型ADV 92例,占32.3%,11型ADV 6例,占2.1%;有13例经分型引物扩增为阴性,经过通用引物扩增后的PCR产物测序确定为2型ADV 9例,占3.2%(9/285);6型ADV2例,占0.7%,1型和5型ADV各1例,各占0.4%.结论 本组ADV阳性检出率为1.69%.近年来北京地区ADV感染以3、7型为主,其次为2型和11型,1、5和6型较为少见,尚未发现其他型别.     

医院内诺如病毒感染的三种病原学检测方法应用比较

目的找到一种简便易行的检测感染性腹泻粪便标本中诺如病毒的方法。方法用两种酶免疫吸附试剂盒检测北京地区婴幼儿腹泻和综合医院内成人感染性腹泻粪便标本中的诺如病毒,并用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)作对照,评价这两种试剂盒。用两种试剂盒分别检测69份儿科病房标本和来自3家综合医院15份成人医院内感染性腹泻的粪便标本中诺如病毒;其中5份儿科病房和15份成人病房的粪便标本还同时进行了RT-PCR检测。结果84份粪便标本中,试剂盒甲的诺如病毒检出率为20.2%(17/84),试剂盒乙的诺如病毒检出率为36.9%(31/84);两种试剂盒的符合率为73.8%(62/84),但试剂盒乙的检出率显著高于试剂盒甲(P<0.01)。在应用了RT-PCR检测的20份标本中,阳性率为55.0%(11/20)。试剂盒甲与RT-PCR检测结果相比,检出率明显低于RT-PCR(P<0.05),试剂盒乙与RT-PCR检测结果相比,检出率差异无统计学意义(P>0.05)。3家综合医院的成人标本中,每家医院都有2份或2份以上送检标本诺如病毒检测阳性,结合临床诊断可判定为诺如病毒医院内感染暴发。结论酶免疫吸附方法检测诺如病毒感染简便易行、利于推广,试剂盒乙可以替代RT-PCR方法应用于临床。3家综合医院都存在诺如病毒医院内感染的暴发。     

2004年北京婴幼儿中甲3型流感病毒血凝素基因特性对其抗原性改变的提示

目的了解2004年流感流行季节（2004年8月—2005年4月）北京地区婴幼儿急性呼吸道感染患儿中分离到的甲3型流感病毒是否存在抗原性的改变以及其变异程度。方法提取1株于2004年3月和32株于2004年流感流行季节从北京地区急性呼吸道感染患儿中分离到的甲3型流感病毒的病毒RNA,经RT—PCR扩增得到HA1区基因片段并进行核苷酸序列测定,使用生物信息软件分析HA1区基因序列。结果所测定的血凝素HA1区基因均为987bp,编码一个含329个氨基酸的蛋白质。将33株甲3型流感病毒流行株的血凝素（HA1）氨基酸序列与近年WHO推荐的参考疫苗株比较,我们发现一致的多处位点的氨基酸突变,而且突变位点涉及2个抗原决定簇（A、B）和受体结合部位。而2004年3月分离到的毒株在进化分析和氨基酸变异上均不同于2004年流行季节的毒株。结论对血凝素基因HA1区的序列分析结果提示2004-2005年流行季节的甲3型流感病毒较春季的流行株和2004年疫苗株出现了较大的漂移,提示其抗原性可能出现了改变。这种变异对于病毒抗原性的影响以及对于疫苗效果评价的意义值得密切关注。     

北京市1998-2004年婴幼儿A3型流感病毒分离株HA1基因序列分析

目的 了解1998-2004年北京地区婴幼儿中流行的A3（H3N2）亚型流感病毒血凝素基因HA1区的基因变异特点。方法 提取该期间采集的呼吸道标本中H3N2亚型流感病毒的RNA，经逆转录多聚酶链反应扩增得到HA1区基因片段。通过目的基因的克隆、测序或PCR产物直接测序，进行序列分析。结果 19982004年问北京地区婴幼儿中流行的H3N2亚型流感病毒血凝素HA1区基因均为987bp，编码一个含329个氨基酸的蛋白质。这些H3N2亚型流感病毒血凝素HA1区的核苷酸和氨基酸同源性分别在95．5％～100．0％和93．0％～100．0％之间，分离年份越近同源性越高。在HA1区有7个糖基化位点非常保守，分别位于8、22、38、63、126、165和285位氨基酸。与1997年以前的毒株相比，1997年以后的毒株均在122和133位增加了一个糖基化位点。自1999年以后的毒株均在144位增加了一个糖基化位点。每年流行的毒株都较前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。进化分析显示，每年分离的毒株均与以前的毒株出现了不同程度的变化，不断出现新的进化分支。结论 1998—2004年间北京地区婴幼儿中流行的H3N2亚型流感病毒持续不断地发生着点突变，导致抗原性不断发生漂移。加强监测和密切关注其变异动向对防控流感流行有极其重要的意义。